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Visualisation et ontologies : outils indispensables des industries

Visualisation et ontologies : outils indispensables des industries

Expert en ontologies médicales, Jean-Baptiste Lamy est maître de conférences à l’Université Paris 13. Au sein de son laboratoire, le LIMICS (Laboratoire d’Informatique Médicale et d’Ingénierie des Connaissances en e-santé), il travaille sur des thématiques de visualisation des connaissances, de connaissances sur le médicament et d’ontologie. Il nous explique comment la visualisation et les ontologies deviennent des outils indispensables à de nombreuses industries.

Parlez-nous de votre parcours

J’ai fait des études en pharmacie. Cependant, comme je ne me voyais pas vraiment dans ce secteur, j’ai souhaité m’orienter dans la recherche. Et justement, à Grenoble, il y avait une branche « pharmacie option recherche ». J’ai alors lié ces apprentissages à l’informatique que je pratiquais beaucoup sur mon temps libre. Je programmais des jeux vidéo depuis enfant et me suis intéressé au graphisme 3D. C’est pour cette raison que j’ai voulu orienter mes recherches vers l’informatique. Lors de mon stage à Grenoble, nous travaillions sur des appartements intelligents pour les personnes âgées. J’ai ensuite fait un DEA en informatique médicale et un stage en laboratoire à Grenoble puis à Paris. C’est ici que j’ai travaillé sur les propriétés des médicaments (contre-indications, effets indésirables,). Cela a abouti au cours de ma thèse de science à la conception d’un langage iconique pour les propriétés des médicaments, appelé VCM (Visualisation des Connaissances Médicales).

langage icônes pour visualisation des connaissances médicales

J’ai travaillé sur l’aide à la décision à partir des guides de bonnes pratiques médicales puis j’ai dirigé un projet de recherche financé par l’ANSM sur la problématique « comment avoir des informations fiables et indépendantes sur les médicaments ? ». J’ai proposé de partir des données brutes dans les RCP (version enrichie de la notice des médicaments pour les médecins)pour permettre la comparaison entre les différentes propriétés des médicaments. Pour aboutir à ce résultat, je travaille sur des ontologies en Python. Ce sont des travaux qui ont ensuite été utilisés par d’autres personnes dans des domaines aussi divers que la construction d’hélicoptères et la physique des particules, en passant par les bâtiments intelligents.

Parlez-nous d’un de vos projets

Le projet Désirée est un projet européen piloté par des espagnols. L’objectif est de faire de l’aide à la décision pour la thérapie du cancer du sein. Nous essayons de raisonner à partir des cas anciens, en observant les cas des patientes proches et les traitements utilisés. Nous aidons les médecins à proposer des traitements similaires aux patientes proches, en visualisant les patientes similaires et les caractéristiques partagées (par exemple une tumeur de grande taille). L’idée est d’afficher à la fois des données quantitatives et des données plus qualitatives afin d’expliquer le choix. En comparaison avec d’autres approches, la partie visualisation plaît davantage aux médecins, car ils peuvent comprendre le raisonnement sous-jacent.

Et avec les entreprises ?

Grâce au langage iconique VCM, on a pu noter de la part des médecins un accès à l’information 2 fois plus rapide, tout en faisant 2 fois moins d’erreur. Nous avons vendu ce langage à Vidal. Nous avons ensuite généralisé ce langage au-delà du médicament et nous avons travaillé avec l’hôpital de Rouen pour créer un moteur de recherche. Nous avons aussi vendu cette licence VCM à Silk Informatique et Maincare. J’ai poursuivi ce travail sur les icônes, pour aboutir à un langage permettant de créer 3000 icônes en combinant seulement 150 pictogrammes. Il a fallu aussi trouver une méthode informatique pour valider la sémantique du langage.

Le projet Owlready, module python pour manipuler les ontologies, nous permet d’être en contact avec de nombreuses entreprises comme Implicity qui utilise une ontologie afin de gérer les fausses alertes sur les pacemakers ou encore IBM. Ce sont des travaux directement utiles à l’industrie.

 

Vous pouvez retrouvez tous les articles sur les travaux de Jean-Baptiste Lamy en cliquant sur ce lien